Una epidemia parasitaria diezma a la humanidad obligando a los supervivientes a vivir aislados tras monolitos de metal que repelen a los "Gastrea", monstruos nacidos de este virus. Rentaro Satomi, un joven agente de Seguridad Civil, lucha en misiones de alto riesgo junto a su "Iniciadora", una niña con habilidades sobrehumanas infectada desde el nacimiento, en una carrera contrarreloj para evitar la extinción total de Tokio.